Το Εργαστήριο Περιγραφικής Ανατομικής ιδρύθηκε συγχρόνως με την ίδρυση του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ), στις 18 Μαΐου του 1835. Πρώτο Διευθυντή είχε τον Καθηγητή Ανατομίας και Φυσιολογίας Δημήτριο Αλεξάνδρου Μαυροκορδάτο, ο οποίος εκλέχθηκε Τακτικός Καθηγητής τον Απρίλιο του 1837. Οι παραδόσεις της Ανατομίας ξεκίνησαν στις 19 Μαΐου του 1837. Συγκεκριμένα Καθηγητής Μαυροκορδάτος δίδασκε 3 φορές την εβδομάδα. Συγκεκριμένα ο Καθηγητής Μαυροκορδάτος δίδασκε 3 φορές την εβδομάδα. Ο Μαυροκορδάτος τόνιζε ότι οι ανατομές, τα φυσιολογικά πειράματα και η παρατήρηση των ασθενών με τις νεκροτομές είναι τα τρία μόνα μέσα χωρίς τα οποία δεν γίνεται να γίνει κανείς ούτε καλός ανατόμος, ούτε καλός ιατρός. Συγγραφικό έργο του Μαυροκορδάτου ήταν το βιβλίο «Η ανατομία του ανθρώπινου σώματος» το οποίο εκδόθηκε στην Αθήνα το 1836. Το υλικό εκείνης της εποχής αποτελούσαν οστά, προπλάσματα και λίγοι ανατομικοί πίνακες.
Ο Δαμιανός Γεωργίου Ντράσκας διορίσθηκε στη θέση του Τακτικού Καθηγητή Ανατομίας και Φυσιολογίας στις 16 Ιουλίου του 1840, σε ηλικία μόλις 28 ετών. Η διδακτορική του διατριβή το 1832 είχε τίτλο «Η σχέση της γυναικείας φύσης με τη νόσο». Η διδασκαλία της Ανατομίας γινόταν στο σπίτι του αρχιτέκτονα – πολεοδόμου Σταμάτη Κλεάνθη. Η διδασκαλία γινόταν θεωρητικά μέσω των πινάκων του Weber, τους οποίους μετέφρασε ο ίδιος ο Καθηγητής ενώ παράλληλα ιδρύει και το «Ανατομικόν Ταμείον». Στο «Ανατομικό Ταμείον» συγκεντρώνονταν, εκτός από χρηματικά ποσά, και διάφορες άλλες δωρεές, όπως όργανα, ανατομικά εργαλεία και ανατομικοί πίνακες. Ο Βασιλιάς Όθωνας δώρισε στο «Ανατομικό Ταμείον» τους περίφημους Ανατομικούς πίνακες του Mascagni.
Το Ανατομείο εκείνη την εποχή βρισκόταν σε υπόγειο, στο οποίο υπήρχε έντονη υγρασία και ο χώρος ήταν μικρός. Είχε μόλις 2 Ανατομικές τράπεζες. Οι φοιτητές για να ασκηθούν επιλέγονταν με κλήρωση και όποιος πήγαινε στο Εργαστήριο θεωρούνταν εξαιρετικά τυχερός. Η συντήρηση των πτωμάτων ήταν ολοκληρωτικά απούσα, δηλαδή δεν υπήρχε. Οι οσμές ήταν έντονες. Ο αριθμός των πτωμάτων ήταν πολύ περιορισμένος. Η αδυναμία εύρεσης πτωμάτων έκανε τον Καθηγητή να εκδώσει την ερμηνεία του Ανατομικού Άτλαντα του Weber.
Το 1852 διορίζεται ο Θεόδωρος Αφεντούλης, Έκτακτος Καθηγητής για το Μάθημα της Γενικής Μικροσκοπικής Ανατομίας. Ο Αφεντούλης έγραψε την Επίτομη Παθολογική Ανατομία.
Το 1872 διορίζεται Έκτακτος Καθηγητής της Τοπογραφικής Ανατομικής και Χειρουργικής ο Παύλος Ιωάννου. Εμπλουτίζει τις ανατομικές συλλογές με παρασκευάσματα αισθητήριων οργάνων και οργάνων του κυκλοφορικού συστήματος. Το 1883 αγοράζεται η περίφημη συλλογή Κωνσταντίνου Βαλσαμάκη.
Στις 9 Μαΐου του 1856 διορίζεται Έκτακτος Καθηγητής Περιγραφικής Ανατομικής, διδάσκοντας Τοπογραφική Ανατομία και Εφαρμοσμένη Ανατομική στη Χειρουργική, ο Στέφανος Σταυρινάκης.
Ο Κωνσταντίνος Βουσάκης διορίζεται Καθηγητής Συγκριτικής Ανατομίας και Φυσιολογίας στις 23 Ιουνίου του 1856.
Το 1870 εκδίδονται τα «Ανατομικά Μελετήματα» και η διατριβή του Λουκά Παπαϊωάννου «Περί κοιλιακών μυών». Το 1883 εκλέγεται Τακτικός Καθηγητής της Περιγραφικής Ανατομικής και γίνεται Διευθυντής του Ανατομικού Φροντιστηρίου. Δημοσιεύει το 3 μεγαλειώδες έργο του «Η Ανατομική του Ανθρώπου». Η Ανατομική αυτή περιείχε πλούσια στοιχεία για την Εμβρυολογία και τη Μακροσκοπική Ανατομία. Το «Ανατομικό Ταμείον» εμπλουτίζεται με νωπά παρασκευάσματα, διατηρούμενα στο οινόπνευμα. Εισάγεται η Μέθοδος Laskowski κατά την οποία χρησιμοποιείται διάλυμα φαινικού οξέος και γλυκερίνη. Πρώτη φορά ο αριθμός των πτωμάτων από τα νοσοκομεία της περιοχής έφτανε τα 110.
Το 1887 ο Λουκάς Παπαϊωάννου εκλέγεται Καθηγητής, δίδαξε και Ιστολογία με μικροσκοπικές επιδείξεις τομών σε μικροσκόπια και παρασκεύασε επίσης εμβρυολογική συλλογή για τη διδασκαλία της Εμβρυολογίας. Αξίζει να σημειωθεί ότι στο σημερινό Ανατομείο ιδρύθηκε επί εποχής του και η Αίθουσα Ανατομών του Εργαστηρίου Ανατομίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών και μετονομάσθηκε σε Αίθουσα Ανατομών Λουκά Παπαϊωάννου προς τιμήν αυτού, όπου τιμητική πλάκα υπάρχει στην Αίθουσα Ανατομών μέχρι σήμερα.
Το 1886 με το νέο κανονισμό της Ιατρικής Σχολής, ορίζεται η φοίτηση στα 6 χρόνια. Στις αρχές Δεκεμβρίου παρακολούθησαν το μάθημα 357 Α/ετεις φοιτητές και 106 Β/ετεις με ετήσια εισφορά 40 δραχμών.
Το 1892 διορίζεται αρχικά Έκτακτος και μετά Τακτικός Καθηγητής Περιγραφικής Ανατομικής, ο Ρήγας Νικολαΐδης. Το ανατομικό μουσείο εμπλουτίζεται με διάφορα παρασκευάσματα, όργανα και πίνακες ανατομίας.
Ο Γεώργιος Σκλαβούνος το 1899 γίνεται Καθηγητής Ανατομίας και Διευθυντής του Ανατομείου. Το 1906 εκδίδει τον πρώτο τόμο του 3/τόμου συγγράμματος «Η Ανατομική του Ανθρώπου», το οποίο χαρακτηρίζεται για την απαράμιλλη εικονογράφησή του που για έναν αιώνα και πλέον ήταν το σημαντικότερο βιβλίο της ιατρικής βιβλιογραφίας στην Ελλάδα και παραμένει μέχρι σήμερα διαχρονικό. Το 1926 ο Σκλαβούνος γίνεται Τακτικό Μέλος της Ακαδημίας Αθηνών και ονομάστηκε Ισόβιος Εταίρος της Διεθνούς Ανατομικής Εταιρείας. Εκείνη την εποχή εισάγεται η χρήση της τεχνικής Teichmann για την έγχυση χρωματισμένης ουσίας σε πτώματα και η τεχνική αυτή εφαρμόζεται στην Ελλάδα πριν να εφαρμοστεί στην Ευρώπη. Δίδαξε Ανατομική και Φυσιολογική Ιστολογία και έκανε επίδειξη με μικροσκοπικές παρουσιάσεις εμβρυολογικών παρασκευασμάτων, ασκήσεις Ανατομικές και Ιστολογικές, όπως επίσης ασχολήθηκε με την Οστεολογία και τη Συνδεσμολογία και έκανε μαθήματα Ανατομίας και στη Σχολή Καλών Τεχνών.
Ο Γεώργιος Αποστολάκης αναλαμβάνει το 1938 τη διεύθυνση του Ανατομείο και διδάσκει Ανατομία. Εκείνη την εποχή υπήρχε δυνατότητα άμεσης μελέτης και παρασκευής νωπών παρασκευασμάτων στη μεγάλη Αίθουσα Ανατομών. Γράφει το 2/τόμο βιβλίο με τίτλο «Ανατομική του Ανθρώπου», κατά χώρες, το οποίο μελετάται μέχρι σήμερα.
Το 1966 εκλέγεται Τακτικός Καθηγητής ο Μιλτιάδης Παπαμιλτιάδης, στην έδρα Περιγραφικής Ανατομίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1977, όπου και συνταξιοδοτήθηκε, του απονεμήθηκε ο τίτλος του Ομότιμου Καθηγητή.
Ο Επαμεινώντας Κατρίτσης εκλέγεται το 1977 Καθηγητής της Αντομιας. Αναβαθμίζει το Μουσείο του Ανατομείου, ανοικοδομεί τον 2 όροφο του κτιρίου της Ανατομίας, ο οποίος πήρε και το όνομά του τιμήν ένεκεν. Έγραψε τον Οδηγό Ανατομικών Ασκήσεων, την Οστεολογία, την Συνδεσμολογία και την Αρθρολογία. Επίσης έγραψε το 4/τόμο βιβλίο «Ανατομική του Ανθρώπου» που εμπεριέχει τη «Μυολογία», το «Αγγειακό Σύστημα», τη «Σπλαγχνολογία» και το «Κεντρικό Νευρικό Σύστημα, Αισθητήρια Όργανα, Ενδοκρινείς Αδένες».
Το 1981 εκλέγεται Καθηγητής ο Ιωάννης Βλάχος και προχωρά σε γενική ανακαίνιση του κτιρίου και ανασυγκρότηση του Ανατομικού Μουσείου.
Την περίοδο εκείνη σημαντική είναι η παρουσία του Αν. Καθηγητή Γεωργίου Τρουπή, ο οποίος ανέλαβε τη δημιουργία των «Εγκεφαλικών Τομών» σε πλαστικοποίηση, τα οποία αποτελούν το σημαντικότερο εκπαιδευτικό υλικό του Εργαστηρίου Περιγραφικής Ανατομίας. Ο Αν. Καθηγητής Γεώργος Τρουπής διακρίνεται για τον εξαιρετικό τρόπο διδασκαλίας, ο οποίος αποτελεί παράδειγμα για όλους τους νεότερους πανεπιστημιακούς. Στη πλαστικοποίηση «Εγκεφαλικών Τομών» συμμετείχε και ο Αν. Καθηγητής Ευάγγελος Κοτσιομήτης.
Το 1991 εκλέγεται Καθηγητής ο Νικόλαος Παπαδόπουλος και αναλαμβάνει τη Διεύθυνση του Εργαστηρίου Περιγραφικής Ανατομικής, ο οποίος συνεχίζει τη συντήρηση του Εργαστηρίου και επικεντρώνεται στην ανανέωση του τρόπου διδασκαλίας του μαθήματος. Συμμετείχε στη συγγραφή με τον Καθηγητή Κατρίτση του 4/τόμου τόμου «Ανατομική του Ανθρώπου», που περιέχει τη «Μυολογία», το «Αγγειακό Σύστημα», τη «Σπλαγχνολογία» και το «Κεντρικό Νευρικό Σύστημα, Αισθητήρια Όργανα, Ενδοκρινείς Αδένες».
Το 2004, τον Καθηγητή Παπαδόπουλο, διαδέχεται στη Διεύθυνση του Εργαστηρίου η Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Σοφία Αναγνωστοπούλου.
Το 2007 εκλέγεται Τακτικός Καθηγητής Ανατομίας ο Παναγιώτης Σκανδαλάκης και το 2010 αναλαμβάνει τη Διεύθυνση του Εργαστηρίου. Ανακαινίζει εξ ολοκλήρου το Εργαστήριο και φέρνει τις 2 πρώτες ψηφιακές ανατομικές τράπεζες (anatomage tables) και το πρώτο ψηφιακό πρόπλασμα.
Το 2019 νέος Διευθυντής αναλαμβάνει ο Αναπληρωτής Καθηγητής Θεόδωρος Γεωργίου Τρουπής, ο οποίος το 2020 γίνεται Καθηγητής πρώτης βαθμίδας. Το έντονο ενδιαφέρον του και οι εξαιρετικές του γνώσεις είναι έκδηλες από την πρώτη στιγμή που αναλαμβάνει, αφού αμέσως προχώρησε σε εκτεταμένες αλλαγές στους χώρους του Ανατομείου. Έφερε πρωτοπόρα συστήματα για την άσκηση των φοιτητών και προχώρησε σε αλλαγές του τρόπου διδασκαλίας. Το Εργαστήριο Περιγραφικής Ανατομίας αμέσως έγινε το πιο σύγχρονο Εργαστήριο Ανατομίας στην Ελλάδα, με 3 επιπλέον ψηφιακές ανατομικές τράπεζες (anatomage tables) και 3 επιπλέον ψηφιακά προπλάσματα.
Το Εργαστήριο της Περιγραφικής Ανατομίας βρίσκεται πλέον στα καλύτερα Εργαστήρια του κόσμου.